ドキュメントに書いてなくてわからなかったが、:emr_endpoint を指定しておけば良かったようだ。
こんな感じで好きなリージョンにEMRコマンドを発行できるようになります。
require "rubygems"
require "aws"
require "json"
credentials = JSON.load(File.read(opts[:credentials]))
AWS.config({
:access_key_id => credentials["access_id"],
:secret_access_key => credentials["private_key"],
:emr_key_pair => credentials["keypair"],
:emr_key_pair_file => credentials["key-pair-file"],
:region => credentials["region"],
:emr_endpoint => "#{credentials["region"]}.elasticmapreduce.amazonaws.com",
})
emr = AWS::EMR.new
puts emr.jobs.to_a
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